Seit 1255 gehörte ein Großteil von Pfuhl als ehemaliger reichenauischer Besitz bis in die Zeit der Säkularisation hinein dem Kloster Söflingen. Vermutlich ab 1300 waren die Einwohner von Pfuhl Pfahlbürger der Stadt Ulm. Die evangelische Ulrichskirche geht auf das 14. Jahrhundert zurück. 1531 wurde in Ulm und damit auch in Pfuhl die Reformation durchgeführt. Somit war Pfuhl ganz evangelisch geworden. Von der Reformation bis zum 1. Weltkrieg gab es nur vereinzelt Katholiken. Nach dem 1. Weltkrieg ließen sich dann mehrere katholische Familien in Pfuhl nieder, die seelsorglich von der Pfarrei St. Johann Baptist in Neu-Ulm betreut wurden.
Im Jahr 1933 wurde die erste Kirche in Offenhausen eingeweiht. Diese Kirche trug den Namen des Heiligen Albertus-Magnus, der aus dem nahen Lauingen stammt. Für die Seelsorge der Katholiken in Offenhausen und Pfuhl waren weiterhin die Geistlichen von Neu-Ulm zuständig. Im März 1945 wurde das Gotteshaus durch Brandbomben zerstört. Die Katholiken von Offenhausen und Pfuhl versammelten sich dann in einer Baracke in der Lessingstraße und später in einer Halle des ehemaligen Munitionsdepots zum Gottesdienst. 1953 wurde die neue Albertus-Magnus-Kirche in Offenhausen eingeweiht.
Mit dem 1. Fastensonntag 1967 begann ein neuer Abschnitt im Aufbau der Pfuhler Pfarrgemeinde: Erstmalig wurde in Pfuhl ein regelmäßiger Sonntagsgottesdienst gehalten. Die Hl. Messe wurde im damaligen Kino der Hauptstraße gefeiert. Schließlich stellte die evangelische Kirche von Pfuhl ihren Gemeindesaal im Jugendheim an der Gartenstraße zur Verfügung. Am 26.04.1968 schließlich wurde der Kirchbauverein Pfuhl e.V. gegründet. Zu diesem Zeitpunkt hatte Pfuhl 5300 Einwohner, davon 1920 Katholiken. Der Vorstandschaft des Kirchenbauvereins ist es zu verdanken, dass die Diözese noch im gleichen Jahr an der Platzgasse ein Grundstück für Kirche, Pfarrzentrum und Kindergarten erworben hat. Architekt Manfred Wacker aus Ulm wurde mit der Planung beauftragt. Am 18.06.1972 fand die feierliche Grundsteinlegung für die Kirche statt. Inzwischen hat die Kirche und damit auch die Pfarrgemeinde einen Namen bekommen. Die große Mehrheit entschied sich bei einer Umfrage für den Namen „Heilig-Kreuz“. Ein Zeitungsbericht in der Augsburger Allgemeinen Zeitung berichtet noch einmal von den ereignisreichen Gründungsjahren der Pfarrgemeinde Pfuhl:
Gotteshaus ohne Glocken
Inge Pflüger (Augsburger Allgemeine am 23.06.2012)
(…) Vor 40 Jahren wurde nach jahrelangen Verhandlungen und Diskussionen der Grundstein zum Bau einer katholischen Kirche gelegt. Damit war der Weg frei für eine selbstständige Pfarrgemeinde Pfuhl. (…)
Eine Eigenheit hat die moderne Kirche in Pfuhl – es fehlen der Glockenturm und damit die Glocken, die zum Gottesdienst rufen. Ein großes Kreuz auf dem eigenwilligen Bau zeigt jedoch den Besuchern den Weg ins christliche Haus. Kirchenmitglied Gabriele Stoll, langjährige Organistin, erinnert sich im Gespräch mit der NUZ: Aus finanziellen Gründen habe man damals vorerst von den Glocken abgesehen. Sie sollten später installiert werden. „Wir haben auch schon einmal für neue Glocken gesammelt, doch es klappte nie.“ Ein Aspekt, auf ein Geläut zu verzichten, ist die Tatsache, dass das Gotteshaus mitten im dicht bebauten Wohngebiet steht.
Zur Kirchengeschichte: Pfuhl war traditionell evangelisch, es gab im Dorf nur eine evangelische Kirche. Die wenigen Katholiken pilgerten damals nach St. Albert in Offenhausen. Dort feierten sie sämtliche kirchliche Feste. Meist ging es per pedes in den Nachbarort. Je nach Lage des Wohnhauses mussten die frommen Christen zwischen eineinhalb und drei Kilometer Fußmarsch bewältigen. Aushilfsweise konnte aber auch der evangelische Gemeindesaal in Pfuhl benutzt werden.
Dies änderte sich, als nach dem Zweiten Weltkrieg immer mehr Katholiken in das damals noch selbstständige Dorf zogen. Bereits in den 50er-Jahren des vergangenen Jahrhunderts und dann in den 60er-Jahren drängte eine emsige Gruppe Pfuhler Katholiken und der damalige Stadtpfarrer Wilhelm Schmid (zwischenzeitlich lebten um die 1900 Katholiken in Pfuhl) darauf, eine selbstständige Pfarrei einzurichten mitsamt Kirche und Pfarrzentrum.
In einem Schriftwechsel an den „Hochwürdigsten Bischöflichen Ordinariat Augsburg“ wird 1967 unter anderem erneut um die Zuweisung eines „Aufbaupfarrers“ und um den Bau eines Gotteshauses gebeten. Gleichzeitig stand man mit der Gemeinde Pfuhl in zähen Grundstücksverhandlungen, man ließ nicht locker.
1968 war es so weit: Das Grundstück an der Platzgasse wurde verbrieft und gleichzeitig unter Vorsitz von Karl Stoll (gestorben 2009) der katholische Kirchenbauverein Pfuhl gegründet. Ziel: „Sammlung von Mitteln für die Erstellung und Ausstattung eines Gemeindezentrums mit Pfarrkirche, Kindergarten, Pfarrhaus.“
1971 tagte erstmals der neu gewählte Pfarrgemeinderat. Und zwischenzeitlich hatte die junge Pfarrei mit „Kurat“ Herbert Limbacher auch einen Pfarrer. Das Pfarrzentrum samt Kirche und Kindergarten nahm allmählich Formen an. Die Grundsteinlegung zum Gotteshaus war im Juni 1972, es wurde im Dezember 1973 durch Bischof Josef Stimpfle geweiht. Auch der Kindergarten wurde in Windeseile gebaut und im Frühjahr 1973 bezugsfertig. (…) 3500 Katholiken leben zwischenzeitlich in dem Neu-Ulmer Stadtteil. Der allererste Pfarrer in Pfuhl war Herbert Limbacher, der circa 20 Jahre dort wirkte. (…). Ihm folgten Pfarrer Helmut Kempter (zwölf Jahre), Pater José (etwa fünf Jahre) aus Indien und letztlich Pfarrer Neher.